吉林大学地下水资源与环境教育部重点实验室立足东北，面向全国，重点实验室充分利用、整合地下水科学与工程、环境科学与工程等多学科优势，研究地下水资源及与地下水有关的环境与生态问题，具体的研究方向包括：地下水资源可持续开发；地下水土环境污染的控制与修复；资源开发与废物处置的地下水环境问题。从资源属性和环境属性研究地下水，使地下水科学与工程学科和环境科学与工程学科有机地交叉融合，在现有实验室的基础上，建设跨学科的研究实验室，通过调整规划，目前本实验室拥有科研用房3500m²。
　　重点实验室新建了高温高压多相流驱替实验室、高温高压水-岩-气作用实验室、数值模拟实验室、异位修复实验室、原位修复实验室、核废料地质处置实验室、地热能开发利用实验室、以及岩石样品制备室，并且配备了一批先进的仪器设备，包括高温高压反应釜实验系统、高温高压多相流体驱替实验系统、电感耦合等离子体质谱仪、原子吸收分光光度计、离子色谱仪、总有机碳分析仪、激光粒度分布仪、高效液相色谱仪、液相串级质谱仪、气相色谱仪、气质联用仪、微生物鉴定系统、荧光定量PCR仪等。为了解决大规模数值模拟计算，本实验室配备多核大型计算机及终端系统。
　　地下水资源与环境教育部重点实验室一直保持着与国内外许多大学、公司和科研机构的学术交流及合作研究。并积极组织多种国际学术会议，邀请著名学者和教授讲学，促进了实验室教学和科研的发展。
　　地下水资源与环境教育部重点实验室将会通过本实验室建设，更加合理地开发利用地下水资源，避免生态环境质量恶化，控制和修复水、土的污染提供科学技术支持；提供一个与地下资源存储与利用，地下水资源开发产生的环境问题研究相关的多学科交叉平台，为我国经济建设和解决社会发展中的重大科学问题提供技术支撑。